5 Ekim 2016 tarihli Resmi Gazete'de yayımlanan kararla, Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan, yeni kurulan Milli Savunma Üniversitesi Rektörlüğü'ne Prof. Dr. Erhan Afyoncu'yu atadı. Atama, Milli Savunma Bakanı Fikri Işık'ın önerisi ve Başbakan Binali Yıldırım'ın onayıyla gerçekleşti.